黨的十一屆三中全會后，黨中央、國務院作出建立經濟特區的戰略決策，1980 年深圳經濟特區正式宣告誕生。1984 年初鄧小平同志視察深圳經濟特區后迎來了改革開放的熱潮，根據形勢發展和市區域體制改革，市委決定建立南頭區人民檢察院和蛇口區人民檢察院，南頭區人民檢察院和蛇口區人民檢察院成立后，履行檢察職能，及時有力地打擊犯罪，穩定了社會治安，為特區建設和公民安居樂業提供了良好社會環境。

1990 年 9 月 21 日，最高人民檢察院文件批復深圳市南頭區人民檢察院改稱為南山區人民檢察院，設立深圳市南山區蛇口人民檢察院。蛇口人民檢察院作為南山區人民檢察院派出機構，行使縣一級人民檢察院的職權，撤銷深圳市蛇口區人民檢察院。

南山區檢察院按照“公正執法、加強監督、依法辦案、從嚴治檢、服務大局”的工作方針，緊緊把握積極查辦貪污賄賂犯罪，嚴厲打擊嚴重刑事犯罪、加強執法監督三項工作重點，努力開展各項檢察業務工作。

十多年來，南山區檢察院先后受到區、市、省等上級有關部門的表彰，1995年，被最高人民檢察院評為“全國模范檢察院”，1998年、2000年被確認繼續保持“全國模范檢察院”稱號，2001年被授予全國檢察機關優秀青少年維權崗。在廣東省2002年、2004年的基層院考核中，連續被評為省先進檢察院。此外，控告申訴檢察科還是連續五屆的全國檢察機關“文明接待室”，連續三屆的全國檢察機關“文明接待窗口”，并于2005年被授予廣東省“青年文明號”，于2007年被授予“全國青年文明號”。2006年，南山區檢察院被評為“全國基層規范化建設示范院”。2007年，被評為第二屆“全國十佳基層檢察院”。