黨的十一屆三中全會(huì)后，黨中央、國(guó)務(wù)院作出建立經(jīng)濟(jì)特區(qū)的戰(zhàn)略決策，1980 年深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)正式宣告誕生。1984 年初鄧小平同志視察深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)后迎來(lái)了改革開(kāi)放的熱潮，根據(jù)形勢(shì)發(fā)展和市區(qū)域體制改革，市委決定建立南頭區(qū)人民檢察院和蛇口區(qū)人民檢察院，南頭區(qū)人民檢察院和蛇口區(qū)人民檢察院成立后，履行檢察職能，及時(shí)有力地打擊犯罪，穩(wěn)定了社會(huì)治安，為特區(qū)建設(shè)和公民安居樂(lè)業(yè)提供了良好社會(huì)環(huán)境。

1990 年 9 月 21 日，最高人民檢察院文件批復(fù)深圳市南頭區(qū)人民檢察院改稱為南山區(qū)人民檢察院，設(shè)立深圳市南山區(qū)蛇口人民檢察院。蛇口人民檢察院作為南山區(qū)人民檢察院派出機(jī)構(gòu)，行使縣一級(jí)人民檢察院的職權(quán)，撤銷(xiāo)深圳市蛇口區(qū)人民檢察院。

南山區(qū)檢察院按照“公正執(zhí)法、加強(qiáng)監(jiān)督、依法辦案、從嚴(yán)治檢、服務(wù)大局”的工作方針，緊緊把握積極查辦貪污賄賂犯罪，嚴(yán)厲打擊嚴(yán)重刑事犯罪、加強(qiáng)執(zhí)法監(jiān)督三項(xiàng)工作重點(diǎn)，努力開(kāi)展各項(xiàng)檢察業(yè)務(wù)工作。

十多年來(lái)，南山區(qū)檢察院先后受到區(qū)、市、省等上級(jí)有關(guān)部門(mén)的表彰，1995年，被最高人民檢察院評(píng)為“全國(guó)模范檢察院”，1998年、2000年被確認(rèn)繼續(xù)保持“全國(guó)模范檢察院”稱號(hào)，2001年被授予全國(guó)檢察機(jī)關(guān)優(yōu)秀青少年維權(quán)崗。在廣東省2002年、2004年的基層院考核中，連續(xù)被評(píng)為省先進(jìn)檢察院。此外，控告申訴檢察科還是連續(xù)五屆的全國(guó)檢察機(jī)關(guān)“文明接待室”，連續(xù)三屆的全國(guó)檢察機(jī)關(guān)“文明接待窗口”，并于2005年被授予廣東省“青年文明號(hào)”，于2007年被授予“全國(guó)青年文明號(hào)”。2006年，南山區(qū)檢察院被評(píng)為“全國(guó)基層規(guī)范化建設(shè)示范院”。2007年，被評(píng)為第二屆“全國(guó)十佳基層檢察院”。